در پرتو پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی، و استقرار نظامی براساس ارزش‌های معنوی و احکام الهی در ایران، بار دیگر تفکر دینی به عنوان اندیشه‌ای امیدزا، حیات‌بخش و مترقی، در عرصه حیات انسان معاصر ظاهر شد.
تجدید حیات اندیشه وحیانی و ارزش‌های معنوی، از سویی سبب بیداری و خودباوری ملت‌های مسلمان و احیای روح ستم ستیزی در آنان و از دیگر سو باعث نمایان‌تر شدنِ سست‌پایگی مسلک‌ها و مکاتب بشر پرداخته و نظام‌های استوار بر آن‌ها شد.
بایستگی تحقیقات دقیق، جامع و منسجم، پیرامون زیرساخت‌های اندیشهٔ دینی و نظامات اجتماعی مبتنی بر آن و ضرورت پرداخت علمی و روزآمد به حوادث واقعهٔ فکری، به فراخور شرایط کنونی و درخور این رستخیز عظیم، و نیز لزوم آسیب‌شناسی در حوزهٔ فرهنگ ملی و باورداشت‌های دینی، به منظور تبیین عرضهٔ صحیح و دفاع معقول از اندیشه دینی و زدودن پیرایه‌های موهوم و موهون از ساحت قدسی دین، و صیانت از هویت فرهنگی و سلامت فکری اقشار تحصیل کرده و نسل جوان کشور، تأسیس نهاد علمی ـ پژوهشی و آموزشی ممحض و کارآمدی را فرض می‌نمود.
پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی، نهادی است علمی فکری، دارای مجوّز رسمی و شخصیت حقوقی مستقل و در حکم دستگاه عمومی که حسب‌الامر مقام معظم رهبری (دام ظله‌الوارف) در سال ۱۳۷۳ تأسیس شده است.

– جایگاه و وظایف ارکان ستادی پژوهشگاه
نمودار سازمانی پژوهشگاه
هیأت امنا
هیأت امنای پژوهشگاه متشکل از سه تن از شخصیت‌های علمی برجسته می‌باشد که عهده‌دار وظایف و اختیارات زیر هستند:
ـ تصویب تغییرات اساسنامه، به پیشنهاد ریاست پژوهشگاه.
ـ تصویب نهایی سیاست‌های کلی و خطوط مشی جامع پژوهشگاه.
ـ تصویب نهایی محورهای اساسی تحقیقات.
ـ بررسی و تصویب توسعه پژوهشگاه.
ـ پشتیبانی مادی و معنوی از پژوهشگاه و ترغیب فضلای حوزه و دانشگاه به همکاری با آن.
رئیس پژوهشگاه
رئیس پژوهشگاه به عنوان بالاترین مقام مدیریتی، مسؤولیت هدایت تصمیمات و فعالیت‌ها و تدبیر امور کلان و هماهنگ‌سازی بخشهای گوناگون را عهده‌دار است. معاونان، مسؤولان قسمت‌های مختلف و مدیران مؤسسات وابسته به پژوهشگاه نیز با نظر مستقیم وی گزینش و گمارده می‌شوند.
از ابتدای تأسیس پژوهشگاه تاکنون آیت الله علی‌اکبر رشاد عهده‌دار ریاست پژوهشگاه می‌باشد.
شورای عالی پژوهشگاه
شورای عالی پژوهشگاه مرکب از ریاست و معاونان پژوهشگاه، رؤسای پژوهشکده‌ها و  مؤسسات وابسته بوده و مسؤولیت تصمیم‌گیری در زمینه برنامه‌های پژوهشی و آموزشی، کمک به امور اجرایی و فراهم آوردن امکانات در زمینه فعالیت‌های پژوهشی و آموزشی را بر عهده دارد.
شوراهای معین پژوهشی، آموزشی، بین‌الملل، رسانش و ارتباطات و همکاری‌ها عهده‌دار تهیه و کارشناسی دستور جلسات شورای عالی پژوهشگاه می‌باشند.

دفتر قم
شهر قم در بردارنده بزرگ‌ترین حوزهٔ علمیه جهان اسلام و مرکز حوزه‌های علمیه ایران می‌باشد و پژوهشگران شایستهٔ بسیاری را در زمینه‌های گوناگون علوم و معارف اسلامی در خود جای داده است؛ لذا از همان اوان تأسیس پژوهشگاه تصمیم گرفته شد برای استفاده از وجود محققان حوزوی و ایجاد ارتباط با مراکز علمی فعال در این شهر و فراهم ساختن زمینهٔ مشارکت دانشوران حوزوی در امور پژوهشی روزآمد و همچنین کمک به حوزه علمیه و حمایت از دانش‌آموختگان علاقه‌مند به تحقیق در عرصهٔ مباحث مورد علاقه پژوهشگاه، دفتری در این شهر راه‌اندازی شود.
این دفتر تاکنون موفق به جلب همکاری و جذب و استخدام چندین تن از محققان و اندیشوران حوزه علمیه شده و ضمن اجرای طرح‌های تحقیقاتی متعدد، نشست‌ها و همایش‌های علمی و تحقیقاتی بسیار، و دوره‌های آموزشی پرباری را برگزار کرده است.
جهت تقویت ارتباط با محققان حوزوی چند گروه‌ه علمی پژوهشگاه در دفتر قم مستقر هستند.